2001 年 9 月，選舉產生了第三屆理事會 , 原水利部副部長朱登銓擔任第三屆理事會會長 。

        第三屆理事會產生后 , 在機構設置 、會員發展和業務開拓等方面 進行了調整 。

        會員發展方面突破了原有限制 : 一是突破所有制限制 , 允許各種所有制的企事業單位加 入協會 ; 二是突破行業和系統限制 , 鼓勵任何與水利相關的企事業單位加入協會 。 在兩個突破的激勵 下會員隊伍迅速發展 。根據水利部黨組的要求 , 社團必須要掛靠司局或有行政職能的事業單位 。協會成立之初掛靠在水利部綜合開發管理中心 , 水利事業單位體制改革后掛靠水利部綜合事業局 , 業務主管司局為水利部經濟調節司 。協會獨立設置辦事機構 , 獨立開展各項活動 。

       第三屆理事會自 2001 年 9 月 ~2005 年 9 月 。

       第三屆理事會領導班子 、分支機構及內設機構 

       ( 一 ) 領導班子 

       ( 二 ) 分支機構 

       分支機構如下 : 地方電力分會 、機械分會 、灌排企業分會 、受部委托 、代管中國灌區協會 、 中國水利水電勘測設計協會 。

       ( 三 ) 內設機構 

       內設機構有 : 辦公室 、研究部 、培訓咨詢部 、 國際合作部